1. Xuất thân
Cậu Eugène Marie Joseph Allys, sinh ngày 12 tháng 2 năm 1852 trong một xóm đạo xứ Paimpont thuộc giáo phận Rennes nước Pháp, gần một khu rừng nổi tiếng mà các thi sĩ thường ca tụng. Cha mẹ cậu tuy nghèo nhưng rất đạo đức. Gia đình gồm có 8 người con, trong số đó có 2 linh mục và một nữ tu. Sau thời gian học ở Paimpont, cậu Eugène được gởi tới Tiểu Chủng Viện Saint Méen rồi vào Đại Chủng Viện giáo phận Rennes một thời gian ngắn, sau đó, được chuyển sang Chủng Viện Thừa Sai Hải Ngoại Paris ngày 27 tháng 7 năm 1872.
Ngày 10 tháng10 năm 1875 thầy Eugène thụ phong linh mục tại nhà thờ Hội Thừa Sai Paris. Hai tháng sau, ngày 16 tháng12 năm 1875, ngài lên đường truyền giáo tại Việt Nam, lúc đó mới 23 tuổi.
2. Sứ vụ Linh mục
2.1. Tiếp xúc bước đầu với xứ truyền giáo
Đến Huế, Đức Cha Giuse Bình (Sohier) đặt ngài ở Viện Dục Anh coi sóc các trẻ mồ côi, đồng thời làm phó giúp Cố Đăng Dangelzer ở Kim Long để học tiếng Việt với vị thừa sai lão luyện này từ năm 1876. Đức Cha Bình rất xúc động về những đức tính tâm linh cao đẹp và trí thông minh của vị linh mục trẻ tuổi này.
Ngài đã nói với các linh mục Việt Nam: “Người bạn mới này sẽ là bề trên vùng truyền giáo”. Lời này thành hiện thực 32 năm sau.
Bấy giờ tình hình đang tạm yên ổn nhờ sắc lệnh triều đình Huế ban bố năm 1874 cho phép tự do tôn giáo. Đức Cha Bình lợi dụng cơ hội đi thăm Quảng Bình. Ngài bị bệnh nặng ở Kẻ Sen. Được tin đó, Tòa Giám mục Kim Long cử Cha Allys đến Kẻ Sen ngay và Cha đã đến đúng lúc để lãnh nhận phép lành của vị Giám mục mình, đồng thời ban phép bí tích cuối cùng cho ngài. Đức Cha Bình qua đời ngày 03 tháng 9 năm 1876.
Sau khi tham dự lễ an táng, Cha Allys trở lại Huế và tiếp tục nhiệm vụ của mình tại cô nhi viện cho đến ngày được Đức Cha Pontviane bổ nhiệm ngài làm Bề trên Đại Chủng Viện ở Thợ Đúc, và đốc công xây dựng Đại Chủng Viện Huế. Thật sự trách vụ này không làm cho ngài vui, nhưng ngài vẫn cố gắng chu toàn bổn phận theo lương tâm. Ngài mong ước được đi phục vụ tại các giáo xứ.
2.2. Thời kỳ làm Cha Sở
Năm 1880, Cha Allys nhận nhiệm vụ làm Phó xứ Dương Sơn dưới quyền Cha chính xứ F.X. Trương Văn Thường. Tháng 11 năm 1881, Đức Cha Caspar Lộc bổ nhiệm Cha Allys làm Cha sở Dương Sơn, một xứ đạo kỳ cựu và là nơi thánh Jaccard Phan tử đạo sau này. Dưới sự chỉ dẫn của một linh mục Việt Nam đáng kính, vị thừa sai trẻ nhanh chóng làm quen với phong tục tập quán bản xứ.
Năm 1883, tình hình căng thẳng do hai quan Tôn Thất Thuyết và Nguyễn Văn Tường tổ chức cuộc giết hại đạo tại Thừa Thiên do một nhóm Văn Thân cầm đầu. Họ đã tàn sát giáo dân tại các giáo xứ: Buồng Tằm, Đá Hàn, Truồi, Cầu Hai, Châu Mới, Nước Ngọt. Giáo xứ Dương Sơn cũng bị đe doạ. Một ngày kia Đức Cha Caspar viết cho Cha Allys: “Lệnh của Đại quan Tường bắt tất cả mọi người mạnh khoẻ trong nước phải sẵn sàng trưng tập vũ khí và lương thực…chúng ta chỉ hy vọng nơi Chúa. Hiệu lệnh đầu tiên ban ra, sự sát hại sẽ khởi sự! Chúng ta chỉ còn chuẩn bị cho con chiên chúng ta được chết lành mà thôi”.
Trong suốt thời gian này, Cha Allys thực hiện thừa tác vụ của mình một cách hiệu quả: an ủi nâng đỡ tinh thần các tín hữu, nhờ vậy họ đứng vững trong cơn thử thách. Những người sống sót thường ca tụng lòng khoan dung, tâm hồn tốt lành và vị tha của Cha sở đã chiếm được trái tim họ.
Sau này Đức Cha Allys thuật lại biến cố đó với những ấn tượng khó quên: “Thật là chuỗi ngày âu lo cho các vị chủ chăn, không gì khủng khiếp cho bằng những đe dọa chết chóc cứ văng vẳng không ngừng và gieo rắc lo sợ giữa các tín hữu. Không gì làm tê liệt tinh thần bằng tình trạng vô định của ngày mai”. Trong lúc hoạn nạn hiểm nguy, Đức Cha Lộc gọi Cha Allys về Tòa Giám Mục tị nạn nhưng Cha xin ở lại để nâng đỡ tinh thần các tín hữu trong cơn thử thách. Thật ra Văn Thân chỉ mới sát hại một vài nơi xa Kinh Đô thuộc vùng Nước Ngọt, Cầu Hai.
2.3. Tuyên úy quân đội
Năm 1885, Pháp chiếm Huế. Vua Hàm Nghi và Tôn Thất Thuyết trốn ra Quảng Trị. Văn Thân ra lệnh cứu nước bằng cách chống Pháp và Công giáo. Tình hình Quảng Trị rối ren, nhiều người công giáo bị giết, nhiều xứ đạo bị tiêu diệt. Đức Cha Caspar cử Cha Lý làm Tuyên úy quân đội Pháp, đi cùng phái đoàn quân dân sự Pháp ra Quảng trị. Ngài chứng kiến bao nhiêu cảnh tàn sát, khói lửa, cũng như lòng tin vững mạnh của người công giáo. Ngài ở lại Quảng Trị vài hôm rồi ra thăm Tiểu Chủng Viện An Ninh vừa mới được giải vây sau ba tuần bị chiếm đóng. Ngài tạm trú tại nhà Cha Dangelzer một tháng và trở về phúc trình cho Đức Cha.
2.4. Cha xứ Phủ Cam kiêm Hạt trưởng
Sau biến cố đẫm máu 1885, ngài được bổ nhiệm làm Cha sở Giáo xứ Phủ Cam, kiêm Hạt trưởng Giáo hạt Bên Thuỷ. Giáo xứ Phủ Cam là một giáo xứ lớn nằm vị trí quan trọng ở thành phố Huế. Giáo hạt Bên Thuỷ là cơ cấu tổ chức của giáo phận Huế bao gồm những giáo xứ, giáo họ, từ Phủ Cam chạy dài đến Lăng Cô, dọc đường thiên lý Bắc – Nam, dọc phá Cầu Hai đi xuống cửa Tư Hiền, từ Xuân Thiên vào đến đầm Lăng Cô. Lúc bấy giờ Giáo xứ Phủ Cam có chừng 500 tín hữu và trong hạt gồm một vài giáo xứ nghèo, mà nhiều người đã bị tàn sát. Cha Allys bắt tay vào việc xây dựng lại những đổ nát chồng chất do các cuộc bách hại gây ra.
Trong 23 năm ở cương vị Cha sở Phủ Cam, kiêm Hạt trưởng Giáo hạt Bên Thuỷ, ngài hoạt động rất năng nổ, hăng say và khôn ngoan trong nhiều lãnh vực. Hai hoạt động nổi bật nhất là đem lại nhiều đổi thay bộ mặt của giáo xứ, làm sôi động trong giáo phận và trong hàng ngũ một số quan lại và hoàng tộc. Theo đường lối chung của Đức Cha Caspar về công tác truyền bá Tin Mừng, Cha Allys đẩy mạnh công tác này trong Giáo xứ và Giáo hạt được giao phó. Ngài cố gắng đem lại sức sống cho giáo dân và các giáo xứ. Hai mươi ba năm nỗ lực tối đa, đã đem lại cho Giáo xứ và Giáo hạt những thành quả phấn khởi. Ngài đã biến Phủ Cam thành giáo xứ có tổ chức, sinh hoạt đạo đức sôi nổi. Vào năm ngài đến với giáo xứ, Phủ Cam có khoảng 500 giáo dân. Năm 1910 lúc ngài rời chức vụ, số giáo dân ở Phủ Cam lên đến hơn 2.400 người và toàn Giáo hạt lên đến 11.000 người.
Trong số những người theo đạo, cũng có những người thuộc hoàng tộc như cô cháu gái của vua Minh Mạng và một số người khác trong hoàng tộc, như các ông Hường Chức, Hường Tế, Hường Thuyền. Các người trong hoàng tộc theo đạo làm cho Tôn Nhân Phủ, các quan Nam triều lo ngại. Họ lập mưu bắt các hoàng thân này và kết án tử hình. Cha Allys đã nhờ Toàn quyền Pháp De Lanessan can thiệp và các hoàng thân được giảm khinh: từ án tử hình đến lưu đày và cuối cùng được gia ân.
Từ khi có phong trào tôn giáo mạnh trong giáo phận, Cha Allys đã cổ võ khuyến khích và hoạt động hăng say, nhất là năm 1887-1900. Dĩ nhiên phong trào này làm nhiều người trong chính quyền Pháp cũng như triều đình Huế bất mãn vì thấy mình mất ảnh hưởng. Vì thế triều đình Huế cùng với một nhóm người Pháp đã âm mưu ủng hộ và khuyến khích ‘Phong trào cải giáo hoàn lương’ trong 2 năm 1898-1900. Trong cơn thử thách, một số tân tòng còn yếu tin đã bỏ đạo. Cha Allys, các vị thừa sai và Đức Cha Caspar đã liên hệ với các chính quyền tìm cách cứu vãn các tín hữu đang bị bách hại, nhưng các ngài không luôn luôn được thành công như lòng mong ước. Tuy nhiên, điều chắc chắn là nhiều xứ đạo trong tỉnh Thừa Thiên không hoàn toàn bị tiêu diệt, và nếu đa số tân tòng còn đứng vững là nhờ ơn Chúa cùng với sự bảo ban khích lệ của vị Hạt trưởng khôn ngoan biết can thiệp khi cần thiết để bảo vệ đoàn chiên.
Sau thời gian khó khăn, thanh bình trở lại, Cha Allys mua đất, khởi công xây cất nhà thờ, trên nền nhà thờ bằng đá thời Cha P. Langlois hồi năm 1691, nhưng nhà thờ ngài xây mặt tiền hướng về phía Kỳ Đài. Ngài vẽ kiểu và đứng ra trông coi công việc xây cất từ đầu đến cuối. Nhà thờ đã khánh thành ngày 27 tháng 8 năm 1902. Nhà thờ này tồn tại cho đến năm 1960.