3.1. Đức Giám mục, hiệu toà Pharcuse
Năm 1907 Đức Cha Caspar từ chức về nghỉ hưu ở Pháp, Cha Izarn tạm điều hành giáo phận trong 1 năm, Cha Allys vẫn tiếp tục đảm nhiệm Giáo xứ Phủ Cam.
Tòa Thánh bổ nhiệm Cha Allys làm Giám mục Hiệu tòa Pharcuse lãnh đạo giáo phận Huế. Ngày 24 tháng 5 năm 1908, Lễ tấn phong Giám mục được cử hành tại thánh đường Phủ Cam. Đức Cha Mossard Giám mục Sài Gòn chủ phong. Có linh mục JB. Nguyễn Bá Tòng dự lễ.
Đức Cha Allys là vị Giám mục Tông tòa Giáo phận Huế thứ 5 kể từ ngày giáo phận biệt lập (1850), sau các Đức Cha Pellerin, Sohier, Pontvianne và Caspar. Đức Tân Giám mục vẫn tiếp tục kiêm Cha sở Phủ Cam cho tới năm 1910. Ngài lãnh đạo Giáo phận theo đường lối của vị tiền nhiệm và đưa Giáo phận vào giai đoạn phát triển cao, có thể nói là cao nhất so với trước kia.
Công việc đầu tiên của ngài là di chuyển Tòa Giám mục từ Kim Long về Phủ Cam, và nhà thờ Giáo xứ Phủ Cam trở thành nhà thờ Chính tòa.
Đức Cha nhờ Cụ Nguyễn Hữu Bài mua lại các sở vườn của tư nhân ở gần sông Phủ Cam và giao cho Cha Léculier xây cất Tòa Giám mục và sở Quản lý giáo phận. Năm 1909, Đức Cha về ở Toà Giám mục mới, tồn tại đến ngày nay.
Đức Cha đã phân chia trong Tỉnh Thừa Thiên ra làm hai hạt mới: Hạt Bên Thuỷ và Hạt Bên Bộ. Hồi đó, Hạt Bên Thuỷ gồm một số giáo xứ nghèo nàn xa xôi, một số lại bị Văn Thân tàn phá như vùng Phú Lộc và Buồng Tằm.
3.2. Ưu tiên mục vụ
Công tác ưu ái và quan trọng nhất của ngài khi làm giám mục là đẩy mạnh hơn nữa công trình của đời linh mục đó là quan tâm chăm sóc những người mới trở lại đạo.
Ngài nhiệt tâm hoạt động. Thật là một vị thừa sai nhiệt thành trong việc truyền giáo cho lương dân và tìm cứu những trẻ em bị bỏ rơi hay sắp chết. Ngài khuyến khích các linh mục đi đến với lương dân, thành lập các giáo xứ mới và xây dựng nhà nguyện. Trong một lá thư của ngài, chúng ta đọc được thao thức của vị tông đồ. Đức Cha viết: “Giáo phận Bắc Đàng Trong có nhiều thuận lợi lớn bảo đảm cho sự thịnh vượng ngày mai. Giáo Phận có diện tích tương đối ít, chỉ có chừng 9000 km2. Hàng Giáo sĩ đông đúc, dù gặp nhiều khó khăn đủ loại, công cuộc truyền giáo vẫn thu được nhiều kết quả tốt đẹp. Tuy nhiên kể từ lúc khai sinh, Giáo phận luôn luôn thiếu hụt tài chánh. Điều này đã cản trở nhiều công tác hữu ích trong giai đoạn đầu, thậm chí đã bắt buộc giáo phận hạn chế những việc quan trọng như chăm sóc và đào tạo hàng giáo sĩ bản quốc.
Từ nhiều năm, các vị Thừa sai ngoại quốc và các linh mục Việt Nam đã tích cực chăm lo cho người lương trở lại, nhưng để sự cố gắng này đạt được thành quả lâu bền, cần phải có hai điều kiện là có Thầy giảng và nhà nguyện cho các địa điểm truyền giáo. Mỗi địa điểm có chừng 40-45 tân tòng. Xây một nhà nguyện tốn khoảng 200 đồng bạc. Đào tạo một thầy giảng cũng đòi hỏi một ngân khoản tương đương. Vì cần nhiều nhà nguyện và nhiều thầy giảng, nên phí tổn tổng cộng vượt quá ngân khoản dự liệu trung bình.
Trong 23 năm điều khiển Giáo phận Huế, ngài được niềm vui đón nhận 37.000 dự tòng vào trong lòng Giáo hội. Trong các cuộc trở lại, ngài không cho là do công nghiệp của ngài, nhưng ngài cảm tạ Thiên Chúa tốt lành đã thương đến vùng truyền giáo nhỏ bé của Huế. Ngài biết ơn sự nhiệt thành của các cộng sự viên người Pháp cũng như người Việt, những người đạo đức, đặc biệt con cái thánh Têrêxa Avila mà lời cầu nguyện hy sinh đã lôi kéo bao nhiêu phúc lành của Chúa xuống trên Giáo hội địa phương.
3.3. Vấn đề tư thục
Về vấn đề tư thục, Đức Cha Allys có nhận định như sau: “Hiện thời còn có vấn đề khác khẩn trương hơn cho tất cả vùng Đông Dương, điều mà chúng tôi không thể bỏ qua được, vì lợi ích cứu rỗi các linh hồn đó là vấn đề tư thục. Muốn mở trường phải có thầy dạy mà chúng tôi thì thiếu hết mọi sự, lại nữa đào tạo giáo viên hao tốn nhiều hơn huấn luyện thầy giảng. Vì giáo viên phải hiểu biết nhiều điều hơn thầy giảng. Đang khi chờ đợi, Chúa quan phòng vẫn ban nhiều ơn. Phần tôi, tôi cảm thấy đau lòng khi thấy số đông con em học sinh công giáo đi học các trường do các thầy bên lương điều khiển. Các em học sinh này được giáo dục do các giáo viên vô thần và thường thường có xu hướng chống đối Giáo Hội”.
3.4. Vị trí không thể thiếu của Tu sĩ
Trong suốt thời gian Đức Cha Allys lãnh đạo, trên địa bàn giáo phận có nhiều Dòng tu ra đời, hoặc do Đức Cha mời tới, hoặc do Đức Cha xin phép Toà Thánh thành lập. Vườn hoa giáo phận được mùa nở rộ những bông hoa nhiều sắc, nhiều hương, giúp ích cho Giáo Hội và cho xã hội:
Ngài đã bảo trợ việc thành lập Dòng Kín Carmel ở Huế (1909), Đan viện Phước Sơn ở Quảng Trị (1918) để yểm trợ công việc truyền giáo bằng đời sống cầu nguyện, hy sinh. Ngài cũng mời các Cha Dòng Chúa Cứu Thế Canada đến tiếp tay trong lãnh vực mục vụ (1925). Nhưng ngài vẫn còn canh cánh bên lòng mối ưu tư về lớp trẻ cần được giáo dục trong Đức Tin và thăng tiến về văn hoá. Ngài đã lập Dòng Con Đức Mẹ Vô Nhiễm (1920), và Dòng Sư Huynh Giáo Giảng Viên Thánh Tâm Chúa Giêsu (1925). Ngài công nhận Dòng Chị Em Mến Thánh Giá Cải Cách Kim Đôi (1924), nay gọi là Dòng Con Đức Mẹ Đi Viếng.
3.5. Tòa Khâm sứ Tòa thánh thiết lập tại Huế (1925)
Một sự kiện lịch sử quan trọng đối với Giáo Hội Công Giáo Việt Nam xảy ra ngày 20.5.1925, thời Đức Cha Allys, Giáo phận Huế được hai vinh dự: một là Cụ Quận Công Nguyễn Hữu Bài, một đại thần của triều đình Việt Nam, là tín hữu công giáo đạo đức và hào hiệp có nhiều hoạt động lớn lao phục vụ Giáo Hội; hai là do thỉnh nguyện của Quận Công, Tòa thánh quyết định thiết lập toà Khâm Sứ Tòa Thánh tại Đông Dương đặt trụ sở ở Phủ Cam .
Đức Giám mục Constantino Ayuti (1876-1928) được bổ nhiệm làm Khâm Sứ Tòa Thánh đầu tiên, từ năm 1925-1928.
3.6. Nguyệt san “Sacerdos Indosinensis”
Đức Cha Allys phối hợp và lãnh ý Đức Khâm Sứ Tòa Thánh Ayuti cho xuất bản Nguyệt San “Sacerdos Indosinensis”. Đây là tờ báo có tôn chỉ mục đích trao đổi, liên lạc và phổ biến các tài liệu tôn giáo, là cơ quan ngôn luận của hàng giáo sĩ Việt Nam. Tờ báo được giao cho Cha Cadière thực hiện và làm chủ nhiệm. Số đầu tiên phát hành ngày 19 tháng 3 năm 1927.
3.7. Vị Giám mục đầu tiên gửi sinh viên du học Roma
Năm 1922, tháp tùng vua Khải Định sang Pháp, Cụ Nguyễn Hữu Bài đến Rôma, được Đức Giáo Hoàng Piô XI tiếp kiến. Ông dâng lên Đức Giáo Hoàng thỉnh nguyện gồm 4 nội dung chủ yếu, trong đó có hai nội dung:
– Xin cải tổ công việc huấn luyện trong các chủng viện.
– Xin lập hàng giáo phẩm và cho hai người Việt Nam được học ở trường Truyền giáo Roma.
Kết quả là ngày 30 tháng 6 năm 1924, Bộ Truyền giáo có 2 quyết định quan trọng:
– Thiết lập Tòa Khâm Sứ Tòa Thánh.
– Ban huấn thị yêu cầu các thừa sai phải nỗ lực thăng tiến các linh mục bản xứ.
Hưởng ứng huấn thị, Đức Cha Allys gởi hai sinh viên Đại Chủng Viện Phú Xuân qua Roma du học. Hai sinh viên đó là thầy Phêrô Ngô Đình Thục và Phêrô Nguyễn Văn Lành. Đây là lần đầu tiên các sinh viên Đại Chủng Viện Huế chính thức được nhận vào Đại Học Truyền Giáo, một đại học lớn của Roma.