Cha Lemasle quyền bề trên địa phận, truyền cho họ Phủ Cam đúng 8 giờ tối ngày 24 tháng 4, liệm xác Đức Cha già. Cha Trang và Cha Thục con hiếu tử đám tang, bàn tính với bổn đạo lo mọi sự sẵn sàng. Cái hòm rất tốt của một người bổn đạo họ Phủ Cam là ông trùm Vọng dâng cúng, sơn đen chạy chỉ vàng, có vẻ thánh giá vàng thiệt, còn một bên vẽ cái ấn Đức Cha chăn chiên lành, khẩu hiệu: “Tôi yêu mến anh em mọi người”.
Buổi chiều này người ta rùng rùng tuôn đến nơi sân nhà Đức Cha như nước chảy. Trước sân nhà đã kéo một cái rạp lớn che vải, kết lụa treo cờ đen, cùng đính mấy dây đèn điện. Ngoài vách thành thẳng đàng lên nhà thờ Phủ Cam cũng treo cờ đen, thắp lồng đèn gương theo mấy hàng cây bên đàng, trước cửa ngõ đặt một tấm bảng lớn màu đen đề chữ rằng: Monseigneur Allys decede, priez pour son Excellence . R.I.P.
Ai đi qua lại phải ngừng chân thấy tấm bảng đều mủi lòng bước chân vào cầu nguyện cho Đức Cha. Trước buổi chiều liệm và các ngày sau, thường năng thấy các nhà dòng tuôn đến từng toán, Nhà Dòng Lasan, dòng Chúa Cứu Thế, các thầy dòng Trường An, nhà phước Saint Paul de Chartres, nhà phước Phú Xuân, nhà phước Kim Hai, nhà phước Phủ Cam, chẳng giờ nào mà chẳng thấy lẫn lộn cùng với bổn đạo đến đọc kinh cầu nguyện. Cha Lemasle chủ tọa cuộc liệm, phải đi đưa Đức Cha Chabanon vào Tourane về kịp 7 giờ tối. Đúng 8 giờ, ba chuông tháp nhà thờ trổi giọng bi ai buồn thảm, đưa tin đến giờ nhập quan, chẳng còn đặng thấy Đức Cha già Lý nữa! Vừa 8 giờ Cha Trang lên hiệu, và xin mời các bổn đạo ra ngoài sân. Trong nhà xác chỉ để cho các Cha và một ít quan cùng một ít người hiếu nghĩa. Rồi lại đưa mấy người lo việc liệm xác vào. Một bên kia có Cha Thục lo cho các đồ liệm sẵn sàng. Bà cụ Ngô, mẹ ngài đã dâng hàng gấm và bông gòn kết từng cái gối sẵn để chêm hai bên. Trong hòm chẳng để một chút gì bằng rơm, hoặc đất cát, cách làm đã tính trước. Sắp mọi sự xong, Đức Cha Marcou, các Cha Tây, Nam và chức việc họ Phủ Cam đã đến thì khởi sự đọc kinh liệm xác tiếng An Nam, nghe thê thảm lắm! Mọi người đều tươm nước mắt, đọc kinh xong thì lên hiệu. Cố Lemasle, Cha Thục giữ một đầu, Cha Trang lo một đầu, với nhiều người cầm lấy các cái dải bằng vải đã để sẵn dưới xác Đức Cha già. Cố Lễ ra dấu tức thì mọi người đỡ xác Đức Cha lên nhè nhẹ mà đưa vào hòm kề một bên cách êm ái. Tiếp theo nghe những tiếng bởi trong tim, mọi người khóc òa lên! Chao ôi! Thảm thiết lắm! Ấy cuộc đời ở với nhau 84 năm cũng là mau chóng! Cố Lemasle cất lấy cái mũ Mitre, đoạn phủ hàng vải lên trên xác rồi giao cho thợ gắn sơn ta một lớp dày, đoạn đậy nắp đóng mộng săng. Ấy là xong chuyện, các Cha ra về là 9 giờ rưỡi, xong người ta còn ở lại thương khóc cầu khẩn cả đêm, và liên tiếp mấy ngày sau.
4.4. Cuộc đưa đám xác Đức Cha Allys
Chương trình đã định, đúng 8 giờ ngày 27 tháng 4, thì cử hành đám xác Đức Cha già. Tự nhiên chẳng đợi phải mời, mọi người đặng tin liền tốc tả đến cho kịp đưa đám, ấy là bởi tấm lòng trung thành thương mến. Nào các quan phần đời, nào là các phẩm trật phần đạo, và các giáo hữu khen thay cả toàn thể họ Phủ Cam, lớn bé đều tận suất tư lực, để lo việc đám tang Đức Cha già: Nhà thờ thì trau dồi màn trướng đồ đen, rất có ý nghĩa cuộc tang chế một đấng ân nhân vĩ đại; hai bên lề đàng có cắm cờ để rước quan khách lưỡng triều Đại Pháp, Việt Nam; trong nhà thờ để ghế đoàng hoàng theo ngôi vị; trên cung thánh để chỗ cho các giám mục và hàng linh mục ngồi; lại có cất một rạp lớn để che lăng mộ Đức Cha, trần thiết nhiều lá cờ đen, trướng đen vẽ nhiều kiểu phán xét cùng chỉ sự chết: rạp và đồ trần thiết không lẽ chê đặng. Mộ Đức Thầy đã xây sẵn giữa mồ hai Cha già người họ Phủ Cam, theo lời trối của Đức Cha. Trước mộ có đào một đàng dài, khi khiêng quan tài đến, thì để trên xe mà đẩy vào dưới khuông huyệt.
Cả họ Phủ Cam trong mấy ngày đi quyên tiền đặng một số khá: lớp lo xin lễ, lớp lo cuộc tống chung, trau dồi trần thiết, họ tuy nghèo và nhằm buổi kinh tế khó khăn, song lòng ai nấy vì thương mến nên cúng dâng việc lo Cha yêu dấu mình một cách rộng rãi chẳng tiếc…! Cả họ Phủ Cam đều để chế hết thảy, còn các chức thì mặc áo rộng trắng hơn ba bốn mươi người, lại đặt một đội đạo tùy 50 người, đầu bịt khăn trắng, mình mặc áo thâm dây thắt lưng trắng.
Tảng sáng ngày 27 tháng 4, đã thấy từ nhà thờ Phủ Cam cho đến sở nhà chung chật cứng người ta, bổn đạo các tỉnh Quảng Bình, Quảng Trị cũng tuôn đến. Còn các họ xung quanh Huế thì nhiều, nhất là các họ chầu nhưng thương mến Đức Cha đều để chế. Các sở phái người từng toán đi hầu đám. Đây nên kể lại cuộc rước xác, kéo dài đi hàng 6, hàng 8 đến 4 kilomet, song khúc đàng đi từ nhà thờ đến nhà chung không đặng dài.
Đúng 8 giờ, khi quan Khâm sứ và các quan văn phòng của ngài, các cụ Thượng thơ Nam triều vừa đến tại nhà xác và phía trong, Cha Lemasle, Cha Úy, Cha Thục và Cha Trang đứng chủ hiếu tang đã sẵn. Bấy giờ Cha Thục là học trò – con út Đức Cha, rước quan tài vào nhà thờ còn Cha Trang, Cha Úy thì đi kèm hai bên cố Lemasle sau quan tài với Cha Morineau và Cha Chapuis, Chef de District (quận trưởng), cùng đi chung với nhà hiếu.
Khi mọi sự đã sắp đặt yên bài, thì cố Lemasle bái chào quan Khâm sứ, tức thì cử hành động quan. Cha Thục xướng kinh theo lễ nhạc, rảy nước thánh, tức thì đoàn đạo tùy vào khiêng quan tài, có các chức họ Phủ Cam chỉ huy. Chính ông câu Bút, mang tang phục chấp lệnh. Cố Darbon, cố Pourchet, tiếp rước các quý quan, đặt ông Hường Toại, quan Hường Mầu, quan Hồi Nghi, nghinh tiếp các quan triều, có đoàn hướng đạo Cha Pourchet chỉ huy, đi dẹp đàng và 12 Cha An Nam mặc áo các phép, đi từng chặng đàng xem coi bổn đạo cho có thứ tự đội ngũ như sau này:
Tiền đoàn là Thánh giá lọng che, và đèn hầu đi trước hết, kế đồng nhi nam nữ cầm cờ đen mặc tang phục, rồi kế các bà các ông trong họ mặc tang phục trắng xóa lối vài trăm, tiếp đến đoàn đồng nhi nam mặc cotta cầm đèn, đồng nhi nữ con Đức Bà tang phục cầm đèn có hơn trăm, kế theo sau, bổn đạo các họ mặc tang phục, mỗi họ có phái vài mươi người đi đám, đôi ba chục họ, tôi không thể kể tên đặng, đi theo đội ngũ là đàn ông, còn đàn bà thì đi ngoài đội; kế nhà phước Phủ Cam, nhà Phước Dương Sơn, một ít bà phước Quảng Trị, Cổ Vưu, ít người nhà phước Di Loan, Cửa Tùng, nhà phước Tam Tòa, Kẻ Bàng, Quảng Bình…Một đoàn hơn mấy trăm tay cầm đèn, miệng đọc kinh lần chuỗi cầu hồn, mặt mày lộ vẻ châu Chan, rưng rưng hai hàng nước mắt; kế một toán nhà phước Phú Xuân con Đức Bà, nhà phước Kim Hai, con riêng của Đức Cha đã lập, đi cỡ hơn một trăm người, rồi đến các bà soeurs Saint Paul de Chartres, đem con trẻ đi đám cũng cả 100, tiếp sau các bà soeurs đội núp trắng, các sở Saint Jeanne d’Arc, sở nhà thương ho lao, sở con trẻ, cũng đặng lối 3,4 chục bà. Tiếp đến các thầy nhà dòng Anh Em, đem học trò đi, đến đội ngũ học trò trường Thiên Hựu hơn 100 trò, Cha Thích chỉ huy, với đoàn hướng đạo Cha Pourchet, rồi đến cả Cha Dòng Chúa Cứu Thế, các đệ tử một đoàn khá đông, các Cha dòng Cứu Thế mặc áo các phép và các thầy đi một toán cũng đặng 2,3 mươi, kế các dòng Trái Tim Trường An, Đức Cha đã lập, đi đội ngũ cũng đặng 4,5 mươi, kế đến các cố các Cha địa phận 7,8 chục đấng. Trong số này có các Cha Phước Sơn, 2 cố địa phận Qui Nhơn, là Cha Saulot ở Tourane, Cha Gallioz ở Faifo Quảng Nam, địa phận Vinh có Cha Dalaine, Provicaire, địa phận Kontum có cố Corompt, địa phận Thanh Hóa có cố Poncet và Cha ký lục Khâm sứ tòa thánh. Sau thì một khoảng dài hai hàng các thầy lý đoán với các Cha mặc áo các phép trắng cỡ 5,6 mươi đấng đi trước 4 Đức Cha mặc y phục màu thâm là: Đức Cha Gouin ở Lào, Đức Cha Tardieu ở Qui Nhơn, Đức Cha Jannin ở Kontum và Đức Cha Hồ Ngọc Cẩn. Rồi đến Cha Thục mặc cappa làm chánh sự rước xác, kế có toán chức việc họ Phủ Cam mặc áo rộng trắng An Nam đi trước quan tài, ở giữa có ông chức mặc áo xanh bưng cái gối gắn các medailles (huy chương). Hai bên có hai chục ông mặc đồ đen, cầm đồ lỗ bộ kiểu Roma, đi hầu hai bên quan tài, sau quan tài thì các Cha chủ hiếu là: cố Lemasle, Cha Úy, Cha Trang học trò Đức Cha, với cố Chapuis, cố Morineau, cụ tổng đốc Khôi và phu nhân, ông thượng Diệm, bà quận phước môn Nguyễn Hữu Bài với ông Chuyên giúp việc Đức Cha và các người cựu học trò Đức Cha cho đi nhà trường, mặc tang phục đi theo, kế đó, các quan Đại Pháp và Nam triều; đi trước hết là quan Khâm sứ Graffeuin, quan thượng Thái Văn Toản thay mặt vua Bảo Đại, quan đốc lý Lavigne, quan Labbey, phó Khâm sứ, các quan văn phòng ngài; bên võ quan có quan sáu Frech và nhiều quan võ khác quan Sogni đầu sở liêm phóng, quan chủ kho bạc; bên triều An Nam thì có đủ các cụ thượng: cụ Phạm Quỳnh, cụ Hồ Đắc Khải, cụ Tôn Thất Quảng, cụ Bùi Bằng Đoàn bộ tư pháp, cùng các quan Tham Tri, Thị Độc trong các bộ…Phía bên các quan Đại Pháp đông, lại bà đầm, các cô tây đàng khác; hai bên các quan Tây, Nam thì có toán lính Polices đi hai bên giữ trật tự và một toán lính khác đi từng chặng dẹp đàng; sau các quan thì có vô số người đạo ngoại đi theo đám, ai nấy đều tỏ lòng thương tiếc.
Có một điều lấy làm lạ, là các đám táng trọng, thấy người ta dâng kính chùm hoa sành, hoa cườm, hoa kẽm, còn như đám Đức Cha đây lại phải có đội hình nhà nước đi đưa, vì Đức Cha đặng hai huy chương Bắc Đẩu Bội Tinh. Song trong dịp này thấy vắng hai món ấy. Bởi vì theo lời trối Đức Cha già phải làm giản dị, đừng chùm hoa, đừng văn tế nên cũng đừng lính hầu. Đức Cha lấy các việc ấy là không giúp ích cho ngài lên thiên đàng, bởi Đức Cha có lòng khiêm nhường khó khăn mọi đàng. Cả hai nhà nước đều đi đưa, mà không thấy các của ấy, đến đỗi Đức Cha đã liệu trước tính cho một số tiền, chẳng muốn làm phiền dân nghèo khiêng.
Khi đoàn rước đám đến sân nhà thờ, người ta đứng như kiến cỏ, các đội ngũ đứng lại hai bên, để cho quan tài với các quan nhà nước và các Cha các thầy vô đã, rồi thiên hạ mới vô sau. Ở nhà thờ có Đức Cha Marcou ngài đã già yếu không đi theo đám, ngài trực sẵn mà làm chánh tế lễ hát mai ấy. Đặt quan tài yên thì Cha Darbon lo sắp đặt, mời rước các danh sắc, ngài mời ba cố hiếu tang ngồi ghế bên hữu, ba Cha học trò Đức Cha ngồi bên tả, xây mặt khích phía hông quan tài. Trên cung thánh: hàng giữa chỗ rước lễ có ghế quy cho 4 Đức Cha chầu lễ, hai bên thì hàng đạc đức Tây, Nam. Phía sau quan tài, thì các quan ngồi theo ngôi thứ, cùng thiên hạ đi đám, dầu nhà thờ rộng lớn song phải đứng ngoài vô số. Còn các thợ chụp hình núp các chỗ để lấy hình.
Mọi sự an bài thì khởi sự làm lễ. Cả buổi lễ chuông nhà thờ cứ trổi giọng bi ai thảm đạm. Đức Cha Marcou lên tòa dọn sẵn mặc đồ lễ, có Cha Roux mặc cappa đen làm assistant, còn 5 thầy sáu và các thầy giúp lễ, thì có các thầy trường lý đoán, việc hát lễ cũng là các thầy.
Lễ đoạn thầy lễ nhạc mời Đức Cha Lào, Đức Cha Qui Nhơn, Đức Cha Kontum, Đức Cha Cẩn, vào phòng đồ lễ mặc áo cappa, đầu đội mũ bạc (mitre) đi ra làm một với Đức Cha chánh tế quan tài. Đức Cha chánh tế ngồi giữa phía dưới quan tài, trở mặt lên bàn thờ, còn 4 góc 4 Đức Cha ngồi ghế xây mặt phía mồ. Đức Cha Marcou khi đọc lời nguyện non intres in judicium, ngài bắt mũi, dạ khóc tấm tức đọc gần chẳng ra tiếng. Kế xướng các kinh làm phép mồ cho mỗi Đức Cha làm phép, mỗi ông làm hẳn hoi, khoan thi sốt sắng. Lần này Đức Cha Cẩn là một vị An Nam làm lễ phép theo hàng giám mục giữa lưỡng triều Tây, Nam xem cũng huy hoàng. Làm phép mồ xong thì Cha Darbon là Cha giải tội của Đức Cha Allys, đặng cử làm chánh sự đưa xác ra huyệt. Mọi đấng bậc sắp hàng đi theo, hàng ngũ in hội buổi sớm vào nhà thờ đâu đâu có lính có đoàn hướng đạo với các Cha chỉ huy giữ trật tự. Khi đến huyệt, ai nấy đều ở ngoài lăng, ngoài rạp, chỉ có các Cha, các Đức Cha, các quan đi theo quan tài vào, khi đã hạ quan tài đến trước cửa huyệt, thì Cha Darbon đọc các kinh làm phép huyệt, rảy nước thánh, sau hết Cha xướng lớn tiếng: Requiescant in pace!
Ấy là xong, Đức Cha nằm ở đây mãi mãi đợi ngày sống lại. Tiếp đến Cha Lemasle giơ cây rảy nước thánh cho các Đức Cha và quan Khâm sứ, quan Thái Văn Toản rồi lần lượt tới các quan theo ngài và các Cha các thầy, rảy nước thánh trên quan tài, đoạn ai nấy ra về lòng ngùi ngùi thương tiếc cầu nguyện cho Đức Cha.
Còn các Cha lui về tại sở nhà chung dùng bữa với các Đức Cha, vì các việc xong cũng quá 11 giờ. Ngồi bàn cả thảy có đến 110 Cha, có nhiều Cha dòng về nhà riêng mình. Trước khi từ giã ra về, cố Lemasle đứng dậy thay mặt cho địa phận cảm ơn các Đức Cha ở xa xôi, chẳng nệ đến dự đám, lại cũng cảm ơn các cố Tây, các địa phận, đến chia buồn cùng địa phận Huế. Đức Cha Cẩn cũng đứng dậy với 3 học trò Đức Cha Lý, cảm ơn cố Lemasle bề trên địa phận và Cha giữ việc, đã tận tình lo lắng cho Đức Cha già, ngài cũng cảm ơn các cố khách, và các Cha địa phận, sẵn lòng đến dự lễ cầu nguyện cho Đức Cha già là Cha riêng ngài và 3 Cha khác, đoạn cũng cảm ơn quý chức Phủ Cam có lòng lo lắng tận tình. Cố Lễ cũng khen và cảm ơn họ Phủ Cam, đoạn mọi người giải tán.
Ngày 06 tháng 8 năm 1986, mộ ngài được cải táng về nghĩa trang Thiên Thai Huế. Đức Cha Allys hưởng thọ 84 tuổi với 61 năm Linh mục trong đó có 28 năm Giám mục.