Vừa dứt tiếng chuông nhà thờ Phủ Cam đổ giọng bi ai đưa tin Đức Cha già qua đời, cả và họ đang náo nhiệt ăn làm buổi ban mai, liền ngưng lại sững sờ. Nghe ai nấy đều khóc rầm nhà, mặt mũi châu Chan, vì mọi người đều thương mến Đức Cha. Cố Chính Lễ với Cha Thục cùng hai, ba người khác thay y phục giám mục cho Đức Cha. Đoạn đem xác ngài ra tại giữa nhà riêng Đức Cha, để nằm trên giường trải khăn trắng, xung quanh rải hoa hường, hoa huệ, trên đầu để thánh giá, xung quanh giường để đèn, chân phía dưới để bình nước thánh cho kẻ đến kính viếng.
Một giờ sau, các Cha và bổn đạo xung quanh tựu đến đọc kinh cầu lễ cho Đức Cha. Ngày đêm đều thấy đủ mọi đấng bậc đến viếng đọc kinh. Bên nhà thờ Phủ Cam người ta cũng tựu hiệp cả ngày trước Mình Thánh mà cầu hồn cho Đức Cha. Mọi người cầu nguyện cho Đức Cha tới ngày 27 tháng 4 là ngày táng xác.
Đức Cha Allys là người đặng Bắc Đẩu Bội Tinh Đệ Ngũ Đẳng (Chevalier de la Légion d’honneur) và nhiều huy chương, có công rất lớn với lưỡng triều Pháp-Việt, nên thấy cột cờ rủ cờ xuống. Vua Bảo Đại có phái quan thượng Thái Văn Toản đến tại Nhà Chung chia buồn với địa phận. Quan khâm sứ Graffeuil đang đi kinh lý tại các miền Đà Lạt cũng đánh giấy thiếp chia buồn, qua ngày sau lại phái quan trưởng ấn đến tại nhà xác cầu nguyện, và hứa thế nào cũng đến đưa đám. Chính cụ Thân thần, dầu già cả, vì trìu mến cũng lụm cụm đến viếng thi hài Đức Cha. Ngày ấy có bà khâm sứ, quan sáu bên võ binh Đại Pháp và nhiều quan khác, quan thượng Tôn Thất Tề, phủ Thừa phủ Doãn, quan thượng Phạm Quỳnh, và quan thượng Bửu Thạch đến kính viếng tại nhà xác. Liên tiếp trong mấy ngày, các quan Tây, Nam, các công sở, các Cha ở xa, các bổn đạo kinh thành và xa gần đến kính thi hài Đức Cha nằm trên giường, giữa bông hoa và những ngọn đèn chói lòa như đấng thánh sống vậy. Người có đạo trọng kính Đức Cha như đấng thánh, nên khi người ta đến viếng, có kẻ hôn giày người, nhiều kẻ lấy chuỗi ảnh mình đặt trên xác Đức Cha, rồi đem về làm như dấu thánh, của quý cho mình. Cả ngày người ta đến viếng đọc kinh, ban đêm thiên hạ khắp nơi đến đọc kinh, ngồi dọc đàng và các vườn nhà Chung, không thua gì mấy ngày đại hội La Vang, miệng người ta đọc cách dòn dẻo tỏ tâm tình trìu mến thương Đức Cha biết là ngần nào. Các nơi xa xôi đạo đời đều gửi giấy thiếp chia buồn với địa phận Huế, như chính quan Robin, toàn quyền cõi Đông Dương đánh điện phân ưu cùng địa phận. Các địa phận, các Đức Cha: Quy Nhơn, Kontum, Lào chẳng những gửi giấy thiếp chia buồn, mà lại hứa sẽ đến dự đám. Đức Cha Tòng Phát Diệm cũng trìu mến Đức Cha già, nhưng vì trở việc nên chỉ gửi giấy thiếp chia buồn mà thôi. Còn Đức Cha Cẩn đang ở Lạng Sơn dự lễ phong chức, nghe tin thì ruột ngài đoạn trường đau đớn. Ngài tin vô vì đàng xa lỡ việc, chỉ lo vô kịp đưa đám. Còn các quan chức là con cái Đức Cha ở xa, nghe tin thì lo lục tục về kịp đám. Mọi người lo cầu nguyện, kẻ giáo hữu thì lo xin nhiều lễ Misa cho Đức Cha. Cũng thấy có quan bên lương dâng tiền xin lễ cầu hồn cho Đức Cha nữa. Thật theo khẩu hiệu Đức Cha già Lý: “Diligo omnes” – Tôi yêu mến mọi người” nên lòng mọi người cũng đều thương mến Đức Cha khi có dịp tỏ ra dường ấy.
Đức Cha qua đời 11 giờ ngày 23 tháng 4, thi thể để vậy cho người ta kính viếng, cầu nguyện đến 8 giờ chiều ngày 24 mới liệm ngài vào quan tài. Vì sao mà để lâu giờ mới liệm vậy? Thời điểm này, địa phận Huế phải hai điều nguy biến ly biệt buồn rầu, Đức Cha Chabanon thuật lại: Ngài giúp Đức Cha già qua đời, song chính ngài cũng lâm bệnh hiểm nguy đã mấy tháng, có lẽ nguy đến tánh mạng: tì vị chẳng tiêu hóa, đêm chẳng ngủ, các bộ máy trong mình đều ra yếu, càng ngày phải hao mòn ốm o, ngài là đấng béo mập mà rày hai má thóp lủng vào, chân đi không vững, phải mệt cách lạ, đầu xoàng xiên khổ cực. Ngày lễ Truyền Phép và lễ Phục sinh, hai lần làm lễ nửa chừng phải ngưng lại, mỗi khi gần nửa giờ sau mới tiếp làm. Từ lễ Phục Sinh về sau, ngài chẳng có làm lễ. Các lương y Pháp bắt ngài phải về Tây gấp mới trông sống nổi. Vậy theo chuyến tàu ngày 23 qua 24 kéo neo phải kịp về Pháp. Đợi chuyến sau thì muộn, cố Chính Lễ quyền bề trên địa phận phải đi đưa Đức Cha Chabanon vào Tourane (Đà Nẵng) sớm 24 mới về kịp.
Vậy nên phải đợi cố Chính Lễ về chủ tọa cuộc niệm. Thảm thay! Chiều 23 tháng 4, có các Cha ở Huế đến đưa Đức Cha Giáo, cuối buổi cơm chiều, cố Chính Lễ đứng dậy thay mặt hàng giáo sĩ Tây, Nam mở lời tiễn biệt. Ngài lên giọng bi ai mà thưa Đức Cha Giáo rằng: Lạy Đức Cha, mai nay chúng con đã đưa Đức Cha già qua cõi đời đời, chiều nầy lại phải đau đớn đưa Đức Cha về tạm nghỉ dưỡng bệnh bên Pháp trong buổi đại tang địa phận, địa phận mồ côi cả hai Đức Cha!…Đức Cha già không còn trông gặp ở thế này, còn Đức Cha thì xin Chúa cho Đức Cha đi đàng bằng yên, mau lành trở về cùng chúng con.
Đức Cha Giáo dầu mệt, song cũng đứng dậy khóc mà nói rằng: các Cha Tây, Nam địa phận xưa rày tỏ lòng trung thành với tôi, nay tôi đi thì đứt ruột, song chẳng đã phải vâng lời trẩy đi trong lúc Đức Cha già mới tạ thế. Tôi ra đi thật là tủi hổ! vì một đấng trọn hảo nhân đức, và khôn ngoan từng trải, đã làm gương sáng cho tôi, từ mấy năm tôi cầm quyền cai trị địa phận, rầy chẳng đặng dự liệm xác và cuộc lễ tống táng người thật thì tôi lấy làm buồn dạ lắm! Song may nhờ có Đức Cha Thành là bạn chí thiết của Đức Cha già, xin ngài chủ tọa. Còn phần tôi ra đi, tôi xin các Cha cầu nguyện cho tôi đặng thuyên bệnh mà trở về. Laborem non recuso. Nếu Chúa còn muốn, thì sự chịu khó tôi chẳng từ nan. Đoạn Đức Cha đứng dậy, bắt tay, hôn mặt từ giã các Cha Tây, Nam một cách đau đớn ly biệt, chí thiết tận tình. Ai nấy đều mủi lòng thảm thiết! Sau đó Đức Cha Giáo đến nhà xác quỳ dưới chân Đức Cha Lý, tay chắp lại sốt sắng đọc kinh hơn một khắc đồng hồ. Ai nấy thấy cái tấn kịch bi ai này, tả ra đặng không biết mấy tâm tình ở giữa hai Đức Cha cũng là một địa phận.
Âu là Đức Cha Giáo suy rằng rày xác Cha nằm trước mặt tôi đây, mà tôi nay là người lâm bệnh trầm trọng, một mai tôi cũng như Đức Cha, người ta cũng sẽ toan liệm xác tôi, sẽ làm cho tôi mọi điều in làm cho Cha mai nay và bây giờ. Xem thấy mặt Đức Cha Giáo thảm não lắm, đọc kinh rất sốt sắng. Đoạn đứng dậy lấy que rảy nước thánh trên Đức Cha già cách chậm rãi ý tứ như nói rằng: Mai tôi không đưa đám Cha ra phần mộ đặng thì ít là rày tôi từ giã Cha. Requiescat in pace. Những kẻ đứng xung quanh thấy một bức tranh sống thảm kịch, lấy làm cảm xúc phi thường, và tưởng là Đức Cha Giáo chẳng phải cầu nguyện cho Đức Cha Lý mà là cầu nguyện với ông thánh Lý vì trong bài ngài từ biệt, ngài gọi Đức Cha Lý là đấng rất nhân đức, thánh đáng kính. Đoạn Đức Cha Giáo ra về nghỉ sớm, mai 4 giờ thức dậy lên xe ôtô vào Tourane xuống tàu qua Pháp.